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            圖解blast驗證引物教程

            更新時間:2012-06-10      點擊次數:8439

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                圖解blast驗證引物教程
                              ——以文獻報道的人類的ABCG2的引物為例
                                
            1、 進入網頁:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
            2、 點擊Basic BLAST中的nucleotide blast選項
            3、 完成2操作后就進入了Basic Local Alignment Search Tool界面
            (1)在Enter Query Sequence欄中輸入引物序列:
                   注:文獻報道ABCG2的引物為5-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3;
            5’-TGCCCATCACAACATCATCT-3
            簡便的做法是同時輸入上下游引物。輸入上下游引物系列都從5’— 3’。 輸入上游引物后,加上≥20個字母n,再輸入下游引物,如下圖:
            (2)在Choose Search Set中:
                  Database根據預操作基因的種屬定了,本引物可選Human genomic + transcriptOthers (nr etc.)。本人傾向于選后者,覺得此庫信息更多。如下圖:
             
            (3)在Program Selection中:選擇Somewhat similar sequences (blastn)項,如下圖:
             
            (4)在此界面zui下面:如下圖
            Show results in a new window項是顯示界面的形式,可選可不選,在此我們選上了。關鍵要點擊Algorithm parameters參數設置,進入參數設置界面。
             
            4. 參數設置:
               (1)在General Parameters中:Expect thresshold期望閾值須改為1000,大于1000也可以;在Word size的下拉框將數字改為7。如下圖:
             
             
            (2)Scoring Parameters無須修改
            (3)Filters and Masking中,一般來說也沒有必要改
             
            5.點擊zui下面一欄的BLAST按鈕,如圖:
             
            6.點擊BLAST按鈕后,跳轉出現如下界面:
             
            7. 等待若干秒之后,自動跳轉出現顯示BLAST結果的網頁。該網頁用三種形式來顯示blast的結果。
            (1)圖形格式:
             
             
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