celldatasci DNAstorm FFPE 試劑盒說明書

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DNAstorm™ FFPE 試劑盒 - 從 FFPE 樣品中高效提取高質量 DNA

DNAstorm™ FFPE 提取試劑盒由專有的 CAT5™ 技術提供支持，可增強去除甲醛引起的損傷，并提供更高產量和質量的 DNA，以及更大的擴增能力。DNAstorm™ 試劑盒是新一代測序和其他高級應用的最佳解決方案。

DNAstorm™ FFPE 試劑盒現在還提供 MagBead 格式 - DNA 分離不需要離心機。

使用 DNAstorm™ FFPE 試劑盒和流行的競爭對手的試劑盒從四種不同的 FFPE 腫瘤樣本（結腸直腸、肺、膀胱和食道）中提取 DNA。加載等量 (500 ng) 的 DNA 并在脈沖場凝膠上運行。使用 DNAstorm™ 試劑盒可以看到平均 DNA 大小的顯著改善。

從 FFPE 組織中提取的 DNA 的脈沖場凝膠。“Kit R"代表具有競爭力的商業 DNA FFPE 提取試劑盒。

經常問的問題

使用 DNAstorm™ 試劑盒獲得的 DNA 中是否存在污染 RNA？

通過在裂解步驟后立即執行優化的 RNase 消化步驟，消除了來自 RNA 的污染。

我可以從 FFPE 樣本中獲得多少 DNA？

影響獲得的 DNA 總量的最大變量是樣本本身的質量（即組織的類型和數量，以及樣本的分離和保存注意事項）。使用 DNAstorm™ 試劑盒，并假設至少合理的樣品質量，可以獲得大于 1 µg 的量。

使用 DNAstorm™ 試劑盒獲得的 DNA 能否用于下一代測序？

是的。如果 DNA 具有足夠高的質量，則可以獲得高質量的文庫。

應如何準備組織？

使用切片機從 FFPE 樣品中獲得 5-10 µm 切片。如果可以可靠地切割，可以使用小于 5 µm 的切片。不推薦厚度超過 10 µm 的切片，因為它們可能無法*消化。

我可以使用非石蠟包埋的組織嗎？

是的，可以使用未包埋在石蠟中的組織。在這種情況下，我們建議機械研磨相當于推薦切片數量的組織。

我可以使用 FFPE 內核嗎？

是的，可以使用 FFPE 核心。因為核心不是使用切片機處理的，所以樣品消化往往更困難，如果觀察到不*消化，建議進行機械均質（例如使用鋼珠）。

您推薦哪種脫蠟方法？

DNAstorm™ 試劑盒包括推薦的脫蠟試劑。與其他常用方法（例如二甲苯）不同，脫蠟試劑高效、無毒且不需要使用通風櫥。在我們的測試中，所包含的試劑在去除石蠟和純化高質量核酸方面至少與二甲苯一樣有效。

將脫蠟試劑與 CAT5 裂解緩沖液混合后，我看到脫蠟試劑層和水層之間有白色混濁層。這是什么以及它如何影響提取？

白色混濁層是脫蠟試劑和 CAT5 裂解緩沖液之間的乳液，當這兩種試劑渦旋或混合時可能形成。為避免此問題，我們建議在脫蠟試劑和 CAT5 裂解緩沖液接觸時不要渦旋樣品。當需要在這兩種試劑存在的情況下混合時（例如添加蛋白酶時），我們建議移液器混合。通過以最大速度 (> 16,000 xg) 使樣品劇烈旋轉至少 2 分鐘，可以去除白色混濁層。時間的長短取決于乳液的體積。

我如何評估我獲得的 DNA 的完整性？

由于從 FFPE 組織樣本中分離出的 DNA 大小分布廣泛，我們建議使用脈沖場凝膠電泳 (PFGE)。也可以使用基于毛細管電泳的方法，例如安捷倫生物分析儀，但可能無法正確分離質量更好的樣品中的高分子量碎片（大于 10k）。

為什么我提取的 DNA 無法正常擴增？我注意到很多沒有意義的 PCR 抑制和/或 Ct 值。

當使用大量 FFPE 提取的模板 DNA 時，通常會觀察到 PCR 抑制。這種抑制通常不是由于污染物的存在，而是由 DNA 本身的殘留化學修飾和損傷引起的。對 PCR 協議的幾個簡單調整可以克服這個問題。首先，應減少模板 DNA 的量。其次，PCR 聚合酶的用量應增加 2-4 倍。第三，應延長退火和延伸時間。第四，可以增加dNTPs的量。